概要
平成13年（2001年）9月30日以前に取得した上場株式等を、平成15年（2003年）1月1日から平成22年（2010年）12月31日までの間に譲渡した場合の取得費の額については、みなし取得費（平成13年10月1日の終値の80％相当額）によることができることになっていました。
なお、みなし取得費の特例は平成22年12月31日をもって廃止されたため、平成13年9月30日以前から引き続き所有していた上場株式等を現在売却した場合は、実際の取得費（取得価額不明の場合の計算方法含む。）を基に株式等の譲渡所得を計算して申告する必要があります。
ただし、平成16年（2004年）12月31日までは、みなし取得費を用いて上場株式等を特定口座に受け入れることができたため、この適用を受けて特定口座に受け入れた上場株式等については、平成23年（2011年）以後も取得価額はみなし取得費のままです。
よって、 特定口座内の平成13年9月30日以前から引き続き所有していた上場株式等を現在売却した場合は、みなし取得費を基に株式等の譲渡所得が計算されます。
なお、みなし取得費で特定口座に受け入れていた上場株式等を、一般口座に払い出した後に譲渡した場合の取得価額も、みなし取得費となります。
特定口座から払い出した場合の取得価額は、払い出した時に、その上場株式等が特定口座において譲渡されたとしたときに計算される取得価額をもって取得したものとされるからです。
払い出し時には、取得価額及び取得日が記載された「特定口座からの払出通知書」が証券会社から交付されますので、それで確認しましょう。
大阪国税局資産課税課、資産課税関係誤りやすい事例（株式等譲渡所得関係 令和3年分用）より
（誤った取扱い）
平成13年9月30日以前から引き続き所有していた上場株式等を令和3年中に売却し、申告において、「平成13年10月1日における価額」の80％に相当する金額を取得費として株式等の譲渡所得を計算した。
（正しい取扱い）
上場株式等の取得費の特例（※）は平成22年12月31日をもって廃止されたため、実際の取得費（取得価額不明の場合の計算方法含む。）を基に計算して申告する必要がある。
※ 上場株式等の取得費の特例とは、平成13年9月30日以前から引き続き所有していた上場株式等を平成15年1月1日から平成22年12月31日までの間に譲渡した場合に、「実際の取得費」と「平成13年10月1日における価額」の80％に相当する金額といずれか有利な方を選択し、その譲渡所得を計算することができるという制度（旧措法37の11の2）
