更正の請求の対象にはならないというのが原則論ですが、課税庁がやむを得ない事情があると認めた場合には、更正の請求により適用を受けられます。通常、「やむを得ない事情があると認めた場合」というのは、なかなかないのですが、以外に、このような場合には認められたという事例は幾つか聞いています。
まずは、所轄の税務署に相談されるのがよろしいかと思われます。
国税不服審判所ＨＰ 更正の請求で、住宅借入金等特別控除の適用を求めることはできないとした事例（平成19年2月19日裁決・裁事73集1頁）
https://www.kfs.go.jp/service/JP/73/01/index.html
