概要
法人税法では、株主等の３人以下とこれらの株主等と特殊の関係にある個人及び法人がその会社の株式の総数又は出資金額の合計額の50％超を保有している会社を「同族会社」とし(法法２十)、非同族会社と区別して特別の規定を設けています。日本の会社の95％は同族会社であり、中小企業の多くが同族会社となっています。
- 株主等とは、株式会社の株主又は合同会社の社員をいいます（法法２十四）。
- 自己株式を有する法人が同族会社か否かの判定をする場合には、株主等にはその法人を、また、発行済株式の総数にはその自己株式の数をそれぞれ含めません。
同族会社の課税上の特別規定
① 同族会社の使用人のうち一定の株式を保有し、経営に従事している者は、役員とみなされる場合があります（法令７二、71①五)。いわゆる「みなし役員」です。
また、同族会社の役員のうち一定の株式を保有している者は、使用人兼務役員とされない役員となります（法令71①五)。
② 同族会社において、法人税の負担を不当に減少させる結果となる行為や計算が行われるときは、正常な取引に置き替えて所得金額が計算され、法人税の課税が行われます。これを｢同族会社等の行為又は計算の否認｣といいます（法法132）。
同族会社の判定基準
同族会社であるかどうかの判定に当たっては、その基礎となる株主等を単に株主等の頭数ではなく、ある株主等と特殊の関係のある者（同族関係者）の持分を全部合わせて１グループとし、これを株主１人の持株とみて、３グループまでの組み合わせにより資本金（発行済株式の総数又は出資金額）の50％を超える場合に、その会社を同族会社と判定します（法法２十）。
この場合、同族関係者となる個人は、株主等の配偶者や子供等の親族だけでなく次のような者が含まれます（法令４①)。
・株主等の親族(配偶者、６親等内の血族及び３親等内の姻族)等
・判定会社株主等の１人及びその者の同族関係者となる個人が有する他の会社の株式の総数又は出資の金額の合計額が、その会社の発行済株式等の５０％超に相当する会社等
具体的には、次の①～③のいずれかに該当する会社を同族会社といいます。なお、株式会社には①、②を用い、合同会社には①、③を用います。
① 株式の数(又は出資の金額)による判定（法法２十）
会社の株主等３人以下とその同族関係者が有する株式の数(又は出資の金額)/その会社の発行済株式(又は出資)の総数(又は総額) ≻ ５０％
② 次の種類株式の議決権のいずれかによる数による判定（法令4⑤、③二）
イ事業の譲渡等、ロ役員の選任及び解任、ハ役員の報酬、賞与等、ニ剰余金の配当又は利益の配当
会社の株主３人以下とその同族関係者が有する議決権/議決権の総数 ≻ ５０％
③ 社員の数による判定（法令4⑤後段）
社員３人以下とその同族関係者（社員である者）/社員の総数 ≻ ５０％
※業務執行社員を定めている場合には、上記「社員」が「業務執行社員」として判定します。
合同会社はまず間違いなく同族会社になってしまう
合同会社では、上記③社員の数による判定で、まず間違いなく同族会社になってしまいます。合同会社の場合、業務執行社員を定めている場合がほとんどでしょうが、その場合、業務執行社員で判定します。業務執行社員6人以上（かつ、お互いが親族等でない）でないと、非同族会社にはならないということです。
