概要
通勤手当で非課税とされるのは、「給与所得を有する者で通勤するもの（以下「通勤者」という。）がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分として政令で定めるもの」と規定されています（所法9①五）。
つまり、通勤者別の通勤事情に応じて算定された非課税金額（所令20の2）を通勤手当として別記し、通常の給与に加算しているのであれば、非課税となります。
したがって、下記のような場合は、非課税となりません。
〇 通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、通勤手当に相当する部分が通常の給与に含まれているとしても、その給与の全額が給与として課税されることになります。
〇 通常の給与に通勤手当が加算されていない場合には、実際の通勤費が算出できたとしても、当該金額は非課税となりません。
〇 仮に、会社からの証明書等で給与のうちから通勤費を支出していることが明確になったとしても、通常の給与と通勤手当が区分されていない場合には、その通勤費相当額を非課税所得として取り扱うことはできません。例えば、自宅から勤務先までの実際に通勤に要する費用に相当する金額を、非課税として当該通勤費相当額を給与収入から控除して給与所得を計算するようなことはできません。
