業務執行社員、代表社員の場合
合同会社における業務執行社員は政令で規定する役員に該当します（会社法590、591）。
よって、合同会社が業務執行社員、代表社員に支払う支払う役員報酬（業務執行報酬）については、法人税法34条の規定が適用されることになるので、定期同額給与、事前確定届出給与又は業績連動給与（これは、まずない）のいずれかに該当しない場合には損金不算入とされます。また、不相当に高額な部分若しくは事実を隠蔽し、又は仮装して支給した部分とされる金額も損金不算入とされます。
そして、合同会社の業務執行社員は、使用人兼務役員になることはできない（法法34、法令71）こととされているので、合同会社から業務執行社員、代表社員に支払われる業務執行報酬は、その全額が役員給与として取り扱われることになります。
法人が業務執行社員、代表社員となる場合の税務上の役員給与の取扱いについては、「合同会社の業務執行社員や代表社員には法人でもなれる」のページまで。
社員の場合
合同会社の定款によって業務執行社員を限定した場合、それ以外の社員は定款には記載されますが、登記事項ではないため謄本には掲載がされません（会社法914）。この場合における社員は、出資者としての側面が大きく、株式会社でいうところの株主に当たるものと考えられます。
よって、単なる社員であれば、通常、その対価として支払う給与は従業員給与として取り扱われることになります。
ただし、従業員とは名目的なものであり、実質的に法人の経営に従事（法基通9-2-1）しているか又は代表社員の親族等で法人の経営に従事に当たりみなし役員と判定されるような場合には、法人税法の役員として取り扱われます。
