概要
個人の場合、上場株式の配当金（大口個人株主、ＮＩＳＡ口座預けや国外証券口座預けを除く。以下同じ。）については、次の3つの課税方式のうちいずれか有利な方式を選択できることになっています。なお、配当等を確定申告するかどうかの適用単位には、注意をしてください。
（1）申告不要
確定申告をしないで源泉徴収税額（所得税15％※、住民税5％）のみで課税関係を終了させる課税方式です（措法8の5①）。配当を確定申告するかどうかは、特定口座（源泉徴収あり）で受取る配当についてはその特定口座ごとに選択することができます。それ以外の配当については、1回に支払いを受ける配当ごとに選択することができます。ただし、申告不要を選択すると、配当控除や所得税等の源泉徴収税額の控除を受けられません。なお、未上場株式等係る少額配当等と違って、上場株式等の配当等については金額に関係なく申告するかしないかを選択できます。
（2） 総合課税（確定申告）
確定申告により給与所得、雑所得（年金等）や不動産所得（家賃収入等）その他の総合課税の対象となる所得を合算した総所得金額から各種所得控除を差し引いて計算した課税総所得金額に累進税率（所得税は5％〜45％※、ただし、住民税は一律10％の比例税率）を適用して税額を算出する課税方式であり、配当控除が受けられます。総合課税により課される税金と配当受取時に源泉徴収された税金との差額は、確定申告により精算されます。
（3） 申告分離課税（確定申告）
他の各種所得と分離してその分離した課税所得金額に一定の税率（上場株式等に係る課税配当所得等の金額の場合は、所得税15％※、住民税5％）を適用して税額を算出する課税方式です。上場株式等の売却損と損益通算するためには、申告分離課税を選択する必要があります。なお、申告分離課税を選択すると、配当控除は受けられません（措法8の4①②）。
※源泉徴収および確定申告の際に所得税額の2.1％に相当する復興特別所得税が付加されます。
なお、申告する場合であっても、同一年においては、（2）総合課税と（3）申告分離課税を併用することができません（後述）。
確定申告後の修正申告及び更正の請求
上場株式等の配当等については、確定申告(期限後申告を含みます。)をする時点において、それを含めて確定申告するか、それを除外して確定申告するかの選択は、申告する者の意思に委ねられています。
上場株式の配当の金額を除外して確定申告した場合(措置法8条の5適用)には、その後の更正又は修正申告においても同法8条の5《確定申告を要しない配当所得等》を適用して課税関係を律することとなります（国税庁ＨＰ質疑応答事例「確定申告で申告しなかった上場株式等の利子及び配当を修正申告により申告することの可否」、平成30年10月22日裁決・東裁（所）平30第54号、令和2年6月24日裁決・関裁（所）令元第52号、新潟地裁令和4年12月14日判決・令和4年（行ウ）第7号）。
同様に、上場株式等の配当の金額を算入して確定申告書を提出した場合には、その後の修正申告や更正の請求において除外することはできません（措通8の5-1）。
また、確定申告において、配当所得について申告分離課税を選択せず、確定申告不要制度を選択した場合や総合課税を選択した場合は、その後、修正申告又は更正の請求において、これらの配当所得について申告分離課税制度に変更することはできません。逆に、申告分離課税を選択した場合も同様に総合課税等に変更できません（措通8の4-1）。
上場株式等の配当等について確定申告をする場合には、同一年においては、申告分離課税と総合課税を併用することはできない
上場株式等の配当等（大口株主等が支払を受けるものを除く。）に係る配当所得について確定申告する場合は、その年分について申告する配当所得の全てについて、総合課税と申告分離課税のいずれかを選択する必要があります（措法8の4②、東京高等裁平成30年5月17日判決・税資268号－48（順号13153））。
例えば、令和5年に、上場会社であるＡ株式会社及びＢ株式会社から受領した配当の確定申告を行うに当たり、Ａ株式会社に係る配当については総合課税を選択し、Ｂ株式会社に係る配当については申告分離課税を選択するようなことはできず、総合課税又は申告分離課税のいずれか一方を選択することになります。
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上場株式等の配当所得のうち総合課税の適用を受けたものがある場合は、他の上場株式等の配当所得について申告分離課税の特例の適用を受けることができず、また、更正の請求によっても本件特例の適用を受けることはできないとされた東京高等裁平成30年5月17日判決（税資268号－48（順号13153））（棄却）（上告受理申立て）
（1）事案の概要
① Ｘ（納税者）は、平成２２年分ないし２４年分の所得税の確定申告（以下「本件各申告」といい、当該申告に係る申告書を「本件各申告書」という。）において、上場株式等の配当所得のうち、Ａ配当金に係る配当所得（以下「Ａ配当所得」という。）については総合課税を適用し、その他の配当所得については申告分離課税の特例（以下「本件特例」という。）を適用した。
その後、Ｘは、Ｙ（課税庁）に対し、平成２３年分及び２４年分の所得税の確定申告について、Ａ配当所得を総合課税の適用対象としたことは、「Ａ配当所得が上場株式等の配当所得に該当しない」という誤信に基づくものであるから、国税通則法２３条１項１号の事由に該当するとして、Ａ配当所得を本件特例の適用対象とし、加えて、新たにＢ配当金に係るＢ配当所得（以下「Ｂ配当所得」という。）を計上し、本件特例の適用対象とする更正の請求をした（以下「本件各更正の請求」という。）。
② Ｙは、（イ）本件各更正の請求に対して、更正をすべき理由がない旨の通知処分を行うとともに、（ロ）本件各申告に対して、措置法８条の４第２項（※）の規定に基づき、すべての上場株式等の配当所得について総合課税を適用する各更正処分等を行った。
これに対し、Ｘは、当該各更正処分等（本件各申告又は更正の請求による金額を超える部分）の取消しを求めて本訴を提起した。
※ 上場株式等の配当所得について総合課税の適用を受けた場合には、同一の年中に支払を受けるべき他の上場株式等の配当所得について本件特例を適用しない旨の規定
③ 一審の東京地裁平成29年12月6日判決（平成28年（行ウ）10号）で Ｘ の請求が棄却されたため、控訴した。
（2）主な争点
① 措置法８条の４第２項の該当性
② 本件各更正の請求によるＡ配当所得及びＢ配当所得に対する本件特例の適用の可否
（3）判決要旨（請求棄却）
裁判所は、第一審判決を補正又は引用し、以下のとおり判断した上で、Ｘの控訴を棄却した。
① 措置法８条の４第２項の適用場面となる前提として、同一の年中に支払いを受けるべき上場株式等の配当等に係る配当所得の一部のみが総合課税の適用対象として確定申告がされる場合があることが想定されていると解されるから、そのような確定申告書の記載をもって法律の規定に反するものであるとはいえない。
② Ａ配当所得については、総合課税の適用対象とするＸの意思と本件各申告書の記載との間に不一致は存在せず、本件特例を選択する意思をＸが有していたことを本件各申告書の記載から見て取れる状況にはなかった。たとえ、Ｘが本件特例の解釈を誤り、その結果として本件各申告書に記載をしたのだとしても、Ａ配当所得に係る税額等の計算は、国税に関する法律の規定に反するものではなく、本件各申告書の記載と整合し、適法に行われているのであるから、誤りがあったとはいえない。
③ 平成２５年度税制改正により、措置法８条の４第１項の「確定申告書を提出したとき」という文言が削除された上、同条２項に「確定申告書を提出した場合に限り適用する」という文言が新設されたことは、当該税制改正を機にその趣旨（本件特例の適用の際のいわゆる“当初申告要件”）を明確化したものと解するのが相当である。
（4）その後
最高裁第三小法廷令和元年10月29日決定（税資269号－109（順号13332））
Ｘの上告受理申立ての理由は民事訴訟法318条1項に規定する事件に当たらないとして、Ｘの上告受理申立てが上告審として受理されなかった。
確定申告を要しない配当所得の申告漏れについては、更正の請求が認められる事由に該当しないとされた令和2年6月24日裁決（関裁（所）令元第52号）（棄却）
（1）事案の概要
本件は、所得税等の確定申告をした請求人Ｘが、（イ）上場株式の配当所得の金額及びその源泉徴収税額、（ロ）公的年金等の雑所得の金額及びその源泉徴収税額がいずれも申告漏れであることを理由に所得税等の更正の請求をしたのに対し、原処分庁が、上記（イ）については更正の請求が認められる事由に該当しないなどとして、Ｘのした更正の請求の一部（上記（ロ）に関する部分）のみを認める更正処分をしたことから、Ｘが、その取消しを求めた事案である。
（2）主な争点
Ｘが本件配当所得の金額を本件確定申告の総所得金額に含めなかったことは、通則法２３条１項３号に規定する「計算に誤りがあったこと」に該当するか否か。
（3）裁決要旨（棄却）
① 通則法２３条１項３号は、更正の請求が認められる事由を、納税申告書に記載した還付金の額に相当する税額が過少であるというだけでは足りず、その過少であることが課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算自体に誤りがあったことによる場合に限定していることからすれば、納税者の任意の選択に委ねられた事項については、当初の申告書に記載された金額が、その選択の変更によって納税申告書に記載した還付金の額に相当する税額より過少になるものであったとしても、国税の法律の規定に従い適正に算定されたものということができるから、これを理由として更正の請求をすることはできないと解すべきである。なお、確定申告の内容が上記事由に該当するか否かは、税法及び関係資料に照らして客観的に判断すべきである。
② 措置法８条の５（確定申告を要しない配当所得等）１項の規定は、確定申告をする時点において、上場株式等の配当等に係る配当所得の金額を総所得金額に含めて確定申告をするのか、それを除外して確定申告するのかを納税者の選択に委ねた趣旨であり、いずれを選択しても、それぞれの規定に従って所得税額が適正に計算されている限り、税額等の計算に誤りのない適法な申告といえる。
③ 本件配当は、上場株式等の配当等に該当するなど措置法８条の５第１項所定の要件を満たしており、Ｘの平成２９年分の所得税等については、本件配当所得の金額を除外したところにより確定申告をすることができるとされていたのであるから、その金額を総所得金額に含めていなかった本件確定申告を客観的に判断すれば、それがＸの意図的な選択によるものか否かにかかわらず、同項の規定に従った適法なものであり、計算自体に誤りがあったとは認められない。そのため、Ｘが配当所得の金額を確定申告の総所得金額に含めていなかったことは、通則法２３条１項３号に規定する「計算に誤りがあったこと」に該当しないというべきである。
